Der M46 wird in Richtung Hauptbahnhof/Fernbusterminal zwischen den Haltestellen „Platz der Einheit“ und „Hauptbahnhof/Fernbusterminal“ über Friedrich-Ebert-Anlage und Düsseldorfer Straße umgeleitet. Dadurch entfällt die Haltestelle „Güterplatz“. Zusätzlich bedient der M46 die Haltestellen „Hohenstaufenstraße“, „Platz der Republik“ und „Hauptbahnhof“.
In Richtung Römerhof wird der M46 zwischen den Haltestellen „Hauptbahnhof/Fernbusterminal“ und „Platz der Einheit“ über Karlstraße und Mainzer Landstraße umgeleitet. Der M46 bedient zusätzlich die Haltestellen „Hauptbahnhof/Karlstraße“ der Linie 64 in der Karlstraße und die Haltestelle „Platz der Republik“ der Linie N11 in Richtung Schießhüttenstraße. Die Haltestelle „Güterplatz“ wird an die gleichnamige Straßenbahn-Haltestelle in Richtung Höchst in der Mainzer Landstraße verlegt.