Die S6 fährt zwischen „Friedberg“ und „Bad Vilbel“ sowie zwischen „Bad Vilbel“ und „Frankfurt Süd“ nur im 60-Minuten-Takt. In „Bad Vilbel“ ist ein zusätzlicher Umstieg mit einer längeren Umsteigezeit notwendig. Deshalb wird zusätzlich zwischen „Friedberg“ und „Bad Vilbel“ Ersatzverkehr mit Bussen mit Anschluss zur bzw. von der S6 nach/von Frankfurt/Darmstadt eingerichtet.
Zwischen „Frankfurt Süd“ und „Darmstadt Hauptbahnhof“ verkehrt die S6 planmäßig im 30-Minuten-Takt.